Le dégazage permet la désoxygénation du solvant ce qui permet d'éviter les risques de dégradation des échantillons ou de la phase stationnaire par oxydation.
La formation de bulles de gaz au niveau du détecteur peut également entraîner une forte hausse du bruit de fond.
Un des systèmes de dégazage est basé sur un barbotage de gaz inerte dans la phase mobile (de moins en moins utilisé)
Après dégazage, le réservoir à solvant doit rester fermé et saturé en gaz inerte pour éviter :
- toute évaporation de solvant pouvant entraîner une modification de constitution de la phase mobile dans le cas de mélange de solvant
- la dissolution dans la phase mobile de vapeur d'eau et de CO2. L'emploi d'hélium comme gaz inerte est le plus courant.
Actuellement, la tendance des constructeurs d'HPLC est l'utilisation d'un dégazeur en ligne sous-vide. Plus besoin de gaz inerte et la méthode est très efficace.