Pour identifier les composés d'un mélange, on effectue une CCM de ce mélange avec ceux des produits purs supposés présents, le tout sur la même plaque.
Le produit pur en «bleu» a le même Rf (ratio frontal) que celui du mélange à étudié. Cela indique la présence du produit «bleu» dans le mélange étudié. Une confirmation peut être amenée à l'aide d'une 2ème élution dans un autre solvant en faisant pivoter la plaque de CCM. On utilise dans ce cas des plaques de forme carrée. On appelle cette méthode la CCM bidimensionnelle.
La double élution permet de montrer la présence du composé «A» dans le mélange. Le composé qui avait le même Rf dans la première élution que «C» est en réalité un autre produit.