La chromatographie sur couche mince s'effectue généralement sur une fine couche de silice (phase stationnaire) déposée sur un support. Le mélange à étudier est ensuite posé à l'aide d'un capillaire à environ 1 cm du bord puis placé dans une cuve contenant l'éluant. Le niveau de l'éluant devant être en dessous du produit déposé. La cuve de chromatographie est ensuite refermée par un couvercle. Pour une meilleure séparation, on peut placer un papier filtre sur toute la hauteur de la cuve. Celui-ci se charge de solvant par capillarité ce qui permet une meilleure saturation de la cuve.
L'éluant migre sur la plaque de silice par capillarité et entraîne les composés du mélange étudié. Si les vitesses de migration des composés sont différentes, ils seront séparés.
La plaque de chromatographie est ensuite lue directement si les composés sont visibles, ou placée sous une lumière UV. Les produits peuvent également être révélés en pulvérisant la plaque une solution d'acide sulfurique suivi d'un chauffage dans une étuve. Des plaques avec révélateurs à la fluorescéine sont également disponibles. Placées sous la lumière UV, les taches apparaissent sans avoir besoin d'avoir recours à un révélateur.
Dans tous les cas,
ne pas oublier de tracer le front du solvant dès la sortie de la plaque de la cuve avant son évaporation.
On détermine le ratio frontal Rf = L1/L2 étant le rapport entre la distance parcourue par le soluté divisé par la distance parcourue par le front du solvant.
Le principe de séparation des composés par CCM est proche de celle en HPLC. Le mélange est placé sur la plaque de silice à l'aide d'une pipette pasteur.
Le principal intérêt de la CCM est l'identification rapide des composés d'un mélange. En contre partie, l'analyse est uniquement qualitative et ne permet pas le dosage d'un composé. Toutefois, ceci est de moins en moins vrai avec l'apparition de chomatographie sur couche mince haute performance (HPTLC). Ici de dépôt du produit à analyser est automatisé avec une précision extrême ce qui permet une quantification.