La majorité des colonnes de GC sont de type capillaire. Leur diamètre varie de 0,1 à 0.53 mm pour des longueurs pouvant atteindre 100 m. Elles sont constituées d'un tube dont la paroi interne est recouverte de phase stationnaire.
Les principales phases stationnaires sont de type polyéthylèneglycols - [CH2-CH2-O)]n- ou polysiloxanes - [Si (CH3)2O- Si (CH3)2O]n- . Ces dernières étant les plus courantes.
Leur polarité est classée suivant leur constante de McReynolds. Plus la valeur est élevée, plus la phase stationnaire est polaire.
Les solutés sont principalement séparés suivant leur température d'ébullition auquel on rajoute l'influence de leur polarité. Il est généralement conseillé d'utiliser la colonne la moins polaire possible permettant une bonne séparation.
La longueur est également un critère important. Les plus courantes mesurent 30 mètres. Cette longueur est un bon compromis entre temps d'analyse et efficacité de séparation. Une longueur supérieure est toutefois parfois nécessaire pour obtenir une meilleure séparation.
Diamètre interne: plus il est faible, plus l'efficacité de la colonne est élevée.
Longueur de la colonne: préférez les colonnes les plus courtes permettant d'obtenir la séparation souhaitée.
L'épaisseur du film: les films épais sont plus large d'utilisation mais augmentent le temps de rétention et obligent souvent d'augmenter la température de chromatographie.
Avant de pouvoir réaliser une analyse, la colonne doit être conditionnée. Le conditionnement consiste à la porter avec unr programmation isotherme à une température d'environ 30°C au dessus de la température de l'analyse à effectuer. Le détecteur sera réglé également 20 à 30°C au dessus de la température du four. L'injecteur restera à la température du programme d'analyse.
Cette température devra impérativement être inférieure à la température maximale de la colonne indiquée par le fabricant. Le temps de maintien à cette température est généralement de 2 à 3 heures. Une fois la colonne conditionnée, il est prudent de lancer le programme d'analyse mais sans faire d'injection afin de s'assurer qu'aucun pic parasite n'apparaisse sur le chromatogramme. Renouveler le test si des pics sont présents.