Les colonnes sont conditionnées avec un solvant ou un mélange de solvant. Il faut impérativement utiliser un solvant miscible avec les solvants contenus dans la colonne.
Pour passer d'un solvant à un autre et si les 2 solvants ne sont pas miscibles entre eux (passage de l'eau au cyclohexane par exemple), il faut utiliser un solvant intermédiaire pour purger la colonne. L'isopropanol (propan-2-ol) convient dans un grand nombre de cas ( eau → isopropanol → cyclohexane).
Pour garantir une meilleure durée de vie de la colonne, il faut également éviter les changements brutaux de débits et de viscosité :
il est conseillée de faire varier la pression graduellement.
Phase mobile : toutes les colonnes ne sont pas compatibles ave une phase mobile 100% eau ou 100% phase organique.
Le pH doit également être respecté : la silice devient plus soluble à pH élevé et toutes les colonnes ne supportent pas un pH basique. Dans tous les cas, respecter les consignes du fabricant : pression et température maximale admissible, phase mobile.
Les solvants utilisés doivent avoir impérativement une qualité HPLC (HPLC Grade). Si le solvant est de l'eau issue d'un purificateur, il faut vérifier sa résistivité. La valeur usuelle d'une eau de qualité HPLC est de 18 Mohms. Enfin, les solvants doivent être de préférence pré-filtrés et dégazés et leur pH doit rester dans les spécifications de la colonne.
Lors de l'utilisation de solutions tampons, d'acides ou de sels dissous, il faut purger la colonne avec de l'eau. Le temps de purge varie selon la taille de la colonne et les conditions expérimentales.
Les échantillons injectés doivent être filtrés et miscibles dans la phase mobile.
Régénérations de la colonne: des séquences de passage de solvants permettent de régénérer la colonne. Se conformer aux indications du fabricant.